Project Description

Presentación

Desde que se llevó a cabo la secuenciación completa del genoma humano, cada vez son más los grupos de investigación biomédica que realizan análisis genéticos en sus proyectos de investigación. Ello es debido a que, gracias a este logro, se le facilitó a la comunidad científica una importantísima cantidad de información que los investigadores tienen el deber de aprovechar. El INIBIC no ha sido ajeno a todo ello y, por eso, este centro pretende proporcionar una plataforma que dé servicio y cobertura a todos aquellos grupos de investigación que así lo necesiten.

La plataforma de genómica del INIBIC se enmarca dentro de la Unidad de Investigación del CH Universitario A Coruña y está ubicada físicamente en el Centro de Investigación Biomédica del Hospital. Esta unidad central inició su actividad el 1 de Enero del año 2007, y desde su formación y puesta en marcha, han sido numerosos los grupos de investigación del Hospital que se vieron beneficiados de sus servicios. El equipamiento de dicha unidad central ha sido financiado gracias a ayudas públicas de diversas entidades, entre las que cabe destacar el Fondo de Investigación Sanitaria o la Xunta de Galicia.

A nivel descriptivo es una plataforma que cuenta con un equipamiento adecuado para llevar a cabo la mayoría de técnicas de biología molecular más comunes hoy en día, con unas normas de uso bien establecidas y personal técnicamente cualificado.

El objetivo principal de la plataforma es proporcionar recursos técnicos como servicio de apoyo a la investigación:

  • Asesoramiento técnico y humano para estudio de viabilidad de proyectos de investigación que incluyan aproximaciones desde el punto de vista de la genómica.
  • Desarrollo de un amplio abanico de técnicas moleculares (ver Servicios)

En definitiva, la existencia de la plataforma de genómica posibilita la realización de estudios genómicos con garantías gracias a que el personal del INIBIC está lo suficientemente cualificado para llevar a cabo la realización de los experimentos y el mantenimiento y ajuste de los aparatos, así como para el asesoramiento a los usuarios y la colaboración a la hora de interpretar los resultados obtenidos.

Personal

Ignacio Rego Pérez (PhD)Asesor científico
Ignacio.Rego.Perez@sergas.es
Doctor en Biología. Investigador Miguel Servet del ISCIII
Sara Mª Relaño FernándezTécnico de Laboratorio

Equipamiento

La dotación de equipamiento de la unidad central de genómica ha sido posible gracias a la financiación del Instituto de Salud Carlos III, principalmente mediante ayudas de infraestructura, así como de la Xunta de Galicia. En la actualidad, esta plataforma cuenta con:

Sistemas de amplificación de ácidos nucleicos

Responsable : Ignacio Rego Pérez

Procesador de tejidos STP 120

PCR cuantitativa a tiempo real, modelo LightCycler 480 de Roche

Procesador de tejidos STP 120

Un termociclador de gradiente modelo Verity de Applied Biosystems

Procesador de tejidos STP 120
Procesador de tejidos STP 120

Dos termocicladores convencionales, uno modelo Primus 96 y otro modelo GeneAmp 9700 de Applied Biosystems

Sistemas de cuantificación y calidad de ácidos nucleicos y proteínas

Sistema de homogeneización de tejidos

Procesador de tejidos STP 120

Un espectrofotómetro Nanodrop ND-1000

Responsable : Ignacio Rego Pérez

Procesador de tejidos STP 120

Un Bioanalizador Agilent 2100

Responsable : Sara Relaño Fernández

Procesador de tejidos STP 120
Procesador de tejidos STP 120

Un molino mezclador MM200 y un homogeneizador Ultraturrax T10 para la disgregación de tejidos

Responsable : Mercedes Fernández Moreno

Secuenciación de ADN

Responsable : Ignacio Rego Pérez

Procesador de tejidos STP 120

Un secuenciador automático de ADN de tecnología capilar, modelo ABI 3130XL de Applied Biosystems

Procesador de tejidos STP 120

La plataforma también dispone de un equipo de secuenciación masiva Ion S5XL y un robot para la elaboración automática de librerías de secuenciación y template, el Ion Chef, de ThermoFisher Scientific

Electroforesis

Procesador de tejidos STP 120
Procesador de tejidos STP 120

Sala de electroforesis con cubetas y sistema de documentación de geles de agarosa

Responsable : Sara Relaño Fernández

Procesador de tejidos STP 120

Balanza de precisión modelo FV-120

Responsable : Sara Relaño Fernández

Otra infraestructura

  • Congeladores (-80ºC, -20ºC) y neveras (4ºC) y otros útiles de laboratorio

Además, los laboratorios de investigación del INIBIC cuentan también con la infraestructura necesaria para:

  • Aislamiento y cultivo celular: campanas de flujo laminar, estufas para cultivo celular, centrífugas (algunas refrigeradas) y agitadores termoregulados
  • Estudio de histomorfometría: criostato, microtomo automatizado, inclusor automático de parafina, microscopio de luz y luz polarizada, tissue array
  • Citometría de flujo: 2 citómetros y un sorter

Servicios ofertados

Técnicas básicas de biología molecular, destacando

  1. Aislamiento y cuantificación de ácidos nucleicos (ADN y ARN) a partir de cualquier tejido
  2. Aislamiento de ADN plasmídico
  3. Purificación de productos de PCR
  4. Realización de geles de agarosa
  5. Ensayos con enzimas de restricción

Técnicas basadas en secuenciación automática de ADN

  1. Secuenciación de productos de PCR
  2. Análisis de fragmentos
    1. Estudio de microsatélites
    2. Genotipado multiplex
    3. Estudios de filiación

Análisis bioinformático de datos de microarrays

Técnicas basadas en PCR

  1. Puesta a punto y realización de PCR convencional
    1. Diseño de cebadores
    2. Optimización de las condiciones de reacción
  2. Diseño de experimentos de expresión génica mediante PCR cuantitativa
    1. Cuantificación absoluta de número de copias
      1. Diseño de curvas patrón
      2. Análisis de datos
    2. Cuantificación relativa usando genes de referencia
      1. Selección de genes de referencia
      2. Diseño de cebadores
      3. Condiciones de reacción
      4. Análisis de datos de expresión
    3. Estudios de genotipado sencillos
      1. Genotipado con sondas Taqman
      2. Genotipado con sondas de hibridacion

Tarifas

Servicio A B C
Aislamiento de ácidos nucleicos (precios por muestra)
Extracción de ADN (autoservicio) 2€ ND ND
Extracción de ADN (con técnico) 4€ 6€ 9€
Extracción de ARN total (autoservicio) 2,25€ ND ND
Extracción de ARN total (con técnico) 6€ 9€ 15€
Geles de agarosa sin cargo sin cargo sin cargo
Secuenciación de ADN con tecnología capilar
Secuenciación de ADN (precio por secuencia) (sin purificación previa del producto de PCR) 1,8€ 3,3€ 4,8€
Secuenciación de ADN (placa de 96 completa) (sin purificación previa del producto de PCR) 120€ 220€ 320€
Purificación de PCR con ExoSap-IT (por muestra) (autoservicio) 0,50€ ND ND
Purificación de PCR con ExoSap-IT (por muestra) (con técnico) 0,95€ 1,3€ 1,85€
Purificación de PCR a partir de gel (por muestra) (autoservicio) 2,2€ ND ND
Purificación de PCR a partir de gel (por muestra) (con técnico) 3,5€ 5,5€ 8€
Análisis de SNPs (precio/muestra hasta un máximo de 8 SNPs) 1,9€ 3,9€ 5,5€
Análisis de microsatélites(sin kit de secuenciación) 0,9 € 2,8 € 3,9 €
Análisis de microsatélites(con kit de secuenciación) consultar consultar consultar
PCR y PCR cuantitativa (precios por muestra)
Diseño de oligonucleótidos sin cargo sin cargo sin cargo
Amplificación de ADN por PCR (autoservicio) 0,8€ ND ND
Amplificación de ADN por PCR (con técnico) 1,5€ 2,2€ 4€
qPCR a tiempo real, SYBR Green (por duplicado en placa y 1 gen ref) (autoservicio) 1,5€ ND ND
qPCR a tiempo real, SYBR Green (por duplicado en placa y 1 gen ref) (con técnico) 2,1€ 3€ 5,9€
qPCR a tiempo real, sondas UPL (por duplicado en placa y 1 gen ref) (autoservicio) 1,8€ ND ND
qPCR a tiempo real, sondas UPL (por duplicado en placa y 1 gen ref) (con técnico) 2,5€ 4,7€ 7,9€
Reacción de retrotranscripción kit NZY-RT (autoservicio) 4€ ND ND
Reacción de retrotranscripción kit NZY-RT (con técnico) 5,5€ 7€ 9€
Reacción de retrotranscripción kit Roche (autoservicio) 6€ ND ND
Reacción de retrotranscripción kit Roche (con técnico) 8€ 14,64€ 20€
Reacción de retrotranscripción kit Vilo (autoservicio) 11€ ND ND
Reacción de retrotranscripción kit Vilo (con técnico) 15€ 27€ 38€
Genotipado de SNPs consultar consultar consultar
Cuantificación/pureza de ácidos nucleicos y proteínas
Cuantificación ADN/ARN por NanoDrop (por muestra) (autoservicio) 0,05€ ND ND
Cuantificación ADN/ARN por NanoDrop (por muestra) (con técnico) 0,33€ 0,48€ 0,68€
Análisis de ARN por Bioanalizador 2100 (por chip) (autoservicio) 29€ ND ND
Análisis de ARN por Bioanalizador 2100 (por chip) (con técnico) 39€ 47€ 78€
Análisis de ADN por Bioanalizador 2100 (por chip) (autoservicio) 29€ ND ND
Análisis de ADN por Bioanalizador 2100 (por chip) (con técnico) 39€ 47€ 78€
Análisis de proteínas por bioanalizador 2100 (por chip) (autoservicio) 29 € ND ND
Análisis de proteínas por bioanalizador 2100 (por chip) (con técnico) 39 € 47 € 78 €
Análisis bioinformático/bioestadístico de datos
Precio por hora 27€ 33€ 50€
Otros servicios
Test de Mycoplasma en cultivos celulares (precio por muestra) 1,8 € 2,3 € 4,1 €

Tarifa A INIBIC y grupos asociados.
Tarifa B Resto de centros y organismos de investigación públicos.
Tarifa C Empresas y entidades privadas.
ND Servicio no disponible

Consultar disponibilidad y precio para servicios no incluidos en este listado.
Consultar requisitos en la preparación y envío de muestras para su análisis.

Solicitudes

La Plataforma de Genómica del INIBIC ofrece un servicio de apoyo a la investigación a los laboratorios miembros del Instituto, así como a otras instituciones públicas o privadas. La lista de tipos de análisis que se ofertan puede consutarla en la sección Servicios ofertados

Procedimientos para la solicitud de los servicios

La solicitud de un servicio puede realizarse rellenando el/los Formulario/s de Solicitud correspondientes, disponibles en esta misma página. Una vez cumplimentados se enviarán por fax o correo electrónico, junto con las muestras a analizar.
Es necesario rellenar el formulario de Solicitud de Servicio de la Plataforma de Genómica, y uno de los formularios específicos de cada tipo de análisis.

Solicitud de Servicio de la Plataforma de Genómica

Cuantificacion/pureza de ácidos nucleicos

Secuenciación

Ensayos de PCR cuantitativa

Ensayos de biología molecular básica

En el caso de solicitar únicamente presupuesto para un análisis en concreto, puede cumplimentarse el formulario de Solicitud de Presupuesto de la Plataforma de Genómica

Formulario de solicitud de presupuesto

Envío de muestras

Una vez cumplimentada la solicitud, las muestras a analizar se podrán entregar de cualquiera de las siguientes formas:

  1. Mediante servicio de mensajería con portes pagados o correos a la dirección indicada en la sección de contacto
  2. Entrega directa en el laboratorio: Edificio anexo al Hospital Materno Infantil Teresa Herrera, planta baja

Antes de su envío, es indispensable seguir las Instrucciones para el envío de muestras que se encuentran en esta página web.

Entrega de resultados

Los resultados de los análisis solicitados se enviarán por correo electrónico, o se recogerán en la Plataforma de Genómica. El plazo de entrega de los resultados dependerá de la saturación del Servicio en cada momento, así como de las características del análisis solicitado.

Instrucciones para el envío de muestras

Las siguientes instrucciones son orientativas para los usuarios, y su objetivo es que las muestras puedan ser analizadas en las mejores condiciones posibles, prevenir degradaciones y/o contaminaciones. Las muestras deben ir perfectamente identificadas, a ser posible con una simple numeración. Independientemente del tipo de muestra, es necesario indicar el organismo de procedencia de la misma. Es importante que el usuario advierta de los posibles riesgos que pueda conllevar la manipulación del material enviado, ya sean tóxicos o biológicos, así como de las medidas de seguridad necesarias. Si el material tuviera potencial infeccioso deberá manifestarse, explicando las condiciones en que debe ser manipulado.
El material con el que se trabaja en la plataforma de genómica es principalmente ADN o ARN, el cual puede ser enviado como tal a la plataforma o, por el contrario, puede enviarse el tejido de origen o pellet celular, llevándose a cabo la extracción del material genético en el propio laboratorio.

Envío de muestras de tejido para ensayos con ARN

La cantidad mínima recomendada para llevar a cabo la extracción de ARN es de 100 mg. Dado que el ARN es una molécula extremadamente lábil, y se empieza a degradar nada más extraer el tejido, se recomienda recoger lo más rápidamente posible el tejido. Una vez extraído, añadir el tejido al fondo de un tubo de polipropileno bien rotulado con capacidad suficiente para albergar el trozo de tejido, congelar inmediatamente por inmersión en Nitrógeno líquido y, en el momento en el que el Nitrógeno deja de burbujear (15-20 segundos), sacar el tubo y guardarlo inmediatamente a -80ºC hasta su envío.

Envío de muestras de tejido para ensayos con ADN

La cantidad mínima de tejido recomendada para llevar a cabo la extracción de ADN es igualmente de 100 mg. El ADN no es, a diferencia del ARN, una molécula especialmente lábil, con lo que no se degrada con facilidad. No obstante, se recomienda seguir el mismo procedimiento descrito anteriormente para llevar a cabo la extracción en el laboratorio

Envío de células en cultivo

La cantidad mínima recomendada de células en cultivo para aislar ARN o ADN es de 1×106 células. El pellet celular debe enviarse congelado.

Envío de ADN

Una vez aislado, el ADN se envía en tubos o placas de almacenamiento bien rotulados y sellados. Se recomienda, sobre todo en períodos de calor, hacer el envío con hielo seco en la caja. Es muy importante que el tubo o la placa estén bien sellados para evitar evaporaciones. La cantidad de muestra irá en función del estudio que se pretenda realizar.

Envío de ARN

Una vez aislado, el ARN debe enviarse en tubos perfectamente rotulados y sellados en cajas con abundante hielo seco. La cantidad de muestra a enviar dependerá del estudio que se pretenda realizar.
En cualquier caso, todo usuario que desee consultar condiciones específicas de sus muestras, o del tipo de análisis requerido, puede ponerse en contacto en cualquier momento con el personal técnico de la Plataforma de Genómica

Contacto

La Plataforma de Genómica se encuentra en la planta baja del edificio del Instituto de Investigación Biomédica (INIBIC), anexo al Hospital Materno-Infantil Teresa Herrera de A Coruña.

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Plataforma de Genómica INIBIC-CHUAC
Hospital Teresa Herrera (Edificio anexo – Planta Baja)
Xubias de Arriba, 84
15006 A Coruña
Teléfono: 981 17 82 72
Fax: 981 17 82 73
Coordenadas: 43º20’39”N 8º23’20”W