La estructura científica del INIBIC se desarrolla en seis grandes áreas de investigación. Durante el proceso de definición y consolidación de estas áreas se ha trabajado bajo la premisa de fomentar la interrelación y colaboración entre todas las instituciones que conforman el Instituto. De esta forma, la composición actual de las seis áreas posee un marcado carácter heterogéneo, siendo integradas cada una de ellas por más de una institución, de forma que se fomente el desarrollo de equipos multidisciplinares para el abordaje de las diferentes actividades científicas del Instituto: