Project Description
Presentación
La Plataforma de Proteómica del Instituto de Investigación Biomédica (INIBIC) es un laboratorio que ofrece servicios de Proteómica para el INIBIC, la Universidade da Coruña (UdC) y otras instituciones tanto públicas como privadas.
La Plataforma de Proteómica del INIBIC está asociada al Instituto Nacional de Proteómica (ProteoRed) desde 2006.
Proteómica: objetivos y aplicaciones
La proteómica es la ciencia que estudia los proteomas, que son conjuntos de proteínas que expresados a partir de un genoma. Los estudios genómicos han producido una gran cantidad de información muy importante, pero no suficiente, para el conocimiento de los procesos biológicos. El desarrollo de la proteómica ha experimentado un enorme avance en los últimos años, gracias fundamentalmente a la secuenciación completa de un cada día mayor número de genomas (entre ellos el humano), al desarrollo tecnológico (especialmente en espectrometría de masas) y al diseño de herramientas bioinformáticas que permiten analizar una gran cantidad de información compleja en poco tiempo.
La secuenciación completa del genoma humano posibilitó conocer el número de genes que poseemos, y ha permitido observar que dicho número es inferior a lo que se pensaba (aproximadamente 25.000, frente a los 100.000 esperados), y también que su secuencia guarda alta homología con la de otros organismos. Por ello, la complejidad de los organismos (y especialmente del hombre) parece actualmente radicar con mucho mayor peso en las proteínas, ya que son éstas moléculas las responsables de llevar a cabo las funciones en la célula, tejido o fluido en que se encuentran, y también porque están sujetas a finos mecanismos de modulación que engloban:
- Procesos de transcripción y traducción alternativa (un gen puede dar lugar a diferentes formas proteicas).
- Modificaciones post-traduccionales esenciales para la función proteica.
- Interacciones con otras proteínas o ácidos nucleicos para formar complejos funcionalmente activos.
- Variaciones en la localización de estas proteínas dentro de la célula.
Todas estas áreas son objeto de estudio en proteómica, que proporciona un conjunto de herramientas muy poderosas para el estudio a gran escala de la función de los genes a nivel de proteína. La aplicación de la proteómica tiene un enorme potencial en el área de la biomedicina para el desarrollo de métodos de diagnóstico precoz, diseño de terapias alternativas, identificación de proteínas diana, desarrollo de fármacos, estudios de mecanismos de patogénesis, etc.
Objetivos
La Plataforma de Proteómica del INIBIC tiene dos objetivos fundamentales:
- Proporcionar recursos técnicos como servicio de apoyo a la investigación.
- Identificación de proteínas mediante espectrometría de masas.
- Separación y análisis de proteomas mediante electroforesis bidimensional o cromatografía líquida acoplada a espectrometría de masas.
- Cuantificación de proteínas mediante espectrometría de masas, técnicas de inmunoensayo o estrategias híbridas.
- Implementación, desarrollo y estandarización de nuevas técnicas proteómicas.
- Llevar a cabo tareas de formación.
- Docencia de la asignatura “Proteómica” en estudios de posgrado de la Universidade da Coruña
- Máster en Biología Molecular, Celular y Genética.
- Máster en Asistencia e Investigación Sanitaria (especialidad en Fundamentos de Investigación Biomédica).
- Asesoramiento para el diseño experimental de análisis proteómicos.
- Supervisión y asesoramiento a usuarios que empleen técnicas proteómicas en el INIBIC/UdC.
- Docencia de la asignatura “Proteómica” en estudios de posgrado de la Universidade da Coruña
Personal
Equipamiento
Identificación y análisis de proteínas mediante espectrometría de masas
Espectrómetro de masas en tándem TimsTOF Pro de alta resolución. Posee dos analizadores en configuración híbrida cuadrupolo y tiempo de vuelo, trampa de movilidad iónica TIMS y tecnología PASEF (Parallel Accumulation Serial Fragmentation)
Peaks Studio Software (Bioinformatics Solutions) para el análisis de datos generados por el TimsTOF. Secuenciación de péptidos, identificación y cuantificación de proteínas y determinación de PTMs.
Espectrómetro de masas 4800 MALDI-TOF/TOF™ Proteomics Analyzer (Applied Biosystems). Posee fuente de ionización tipo MALDI y dos analizadores de masas tipo tiempo de vuelo en tándem con cámara de colisión (CID) para fragmentación de iones.
Software Protein Pilot 3.0 (Applied Biosystems), para la identificación de proteínas a partir de geles bidimensionales o ensayos de nLC-MALDI-TOF/TOF, así como para la cuantificación de proteínas tras marcaje in vitro (ICAT, iTRAQ) o in vivo (SILAC).
Sistema de cromatografía líquida Tempo™ nanoLC-2D acoplado a espectrómetro de masas QTRAP5500. El sistema AB SCIEX QTRAP® 5500 LC-MS/MS es un triple cuadrupolo combinado con una aceleradorTM tipo trampa. Tiene dos fuentes de ionización por electrospray (fuente nano y fuente turbo).
Skyline software, para el desarrollo y realización de métodos de monitorización de reacción múltiple (MRM). Estrategias de proteómica dirigida y cuantificación absoluta de péptidos y proteínas
Equipos para separación de proteínas mediante cromatografía líquida
1200 Series LC (Agilent Technologies), HPLC para cromatografía líquida de alta resolución. Con sistema de inyección automática, bomba cuaternaria, detector UV y colector de fracciones (Gilson). Columnas disponibles:
- Zorbax C18 (fase reversa)
- PolyLC (SCX)
- ProteoPrep 20 (inmunoafinidad, para depleción de las 20 proteínas mayoritarias presentes en suero)
- MARS Hu-14 (inmunoafinidad, para depleción de las 14 proteínas mayoritarias presentes en suero)
Sistema Tempo™ nanoLC (Applied Biosystems), para cromatografía líquida de alta resolución y nanocaudal (nL/min). Acoplado a colector de microfracciones.
Colector y dispensador de microfracciones SunCollect (SunChrom), para depositar las fracciones del nLC sobre una placa para MALDI.
Sistema de cromatografía líquida de alta presión ELUTE (UPLC), para la realización de análisis de moléculas pequeñas mediante LC-MS/MS.
Equipos para separación y análisis de proteínas mediante electroforesis bidimensional
Sistemas de isoelectroenfoque Ettan™ IPGphor™ e IPGphor™ 3 (Ge Healthcare) con bandeja de rehidratación y soporte IPGphor Manifold para correr simultáneamente 12 tiras de gradiente de pH inmovilizado de 7 a 24 cm.
Sistemas de separación de proteínas en 2ª dimensión: unidades de electroforesis MiniProtean (Bio-Rad), SE600 Ruby (GE Healthcare) y Ettan™ DALTsix (GE Healthcare), para tamaños de geles de hasta 24×26 cm.
Escáner de alta resolución ImageScanner (GE Healthcare), para digitalización de geles teñidos con Coomassie o nitrato de plata.
Cámara CCD equipada con fuentes de excitación de 460 y 520 nm (Fujifilm), para digitalización de geles teñidos con compuestos fluorescentes (SYPRO, etc).
DIGE Imager (GE Healthcare), para digitalización de geles DIGE o teñidos con fluorescentes (SYPRO, etc).
Cámara CCD Amersham Imager 600 (GE Healthcare), para la detección y digitalización de fluorescencia o quimioluminiscencia en geles y membranas (Western blot)
Software de análisis de geles bidimensionales PDQuest™ 7.3.1 (Bio-Rad). Este programa permite la identificación, cuantificación y análisis de las manchas proteicas presentes en los geles 2-DE.
Software de análisis de geles bidimensionales Progenesis SameSpots 4.0 (Nonlinear Dynamics)
Servicios ofertados
Determinación de masas moleculares
- Determinación de masas moleculares de proteínas, péptidos y otras biomoléculas mediante espectrometría de masas MALDI-TOF/TOF
Identificación de proteínas
- Identificación de proteínas mediante huella peptídica (MS)
- Identificación de proteínas por fragmentación de péptidos mediante espectrometría de masas (MS/MS)
- Secuenciación de péptidos mediante espectrometría de masas (MS/MS)
- Identificación de mezclas complejas de proteínas mediante nLC-MS/MS
- Análisis de pequeña molécula (FIA o UPLC acoplada a MS/MS)
Cromatografía
- Separación de proteínas mediante cromatografía líquida.
- Fase reversa (Zorbax)
- Intercambio catiónico (SCX, PolyLC)
- Fase reversa (Zorbax)
- Depleción de proteínas mayoritarias de suero por inmunoafinidad.
- 20 mayoritarias (ProteoPrep 20, Sigma)
- 14 mayoritarias (MARS Hu-14, Agilent)
- 20 mayoritarias (ProteoPrep 20, Sigma)
Electroforesis
- Separación de proteínas mediante electroforesis monodimensional (SDS-PAGE).
- Separación de proteínas mediante Electroforesis Bidimensional (2-DE).
- Tinción de geles mono- y bidimensionales
- Azul de Coomassie (clásica y coloidal)
- Nitrato de Plata
- Tinción fluorescente (SyproRuby)
- Adquisición y análisis de imagen de geles mono- y bidimensionales
Proteómica cuantitativa
- Cuantificación relativa de proteínas label-free mediante nLC-MS/MS
- Cuantificación relativa de proteínas con marcaje mediante nLC-MS/MS
- Marcaje metabólico de proteínas (SILAC)
- Marcaje isobárico de péptidos (iTRAQ)
- Cuantificación absoluta de paneles de proteínas mediante LC-MS/MS (Multiple Reaction Monitoring) con péptidos marcados como estándares internos.
- Estudios de electroforesis diferencial en gel (2D-DIGE)
- Análisis de datos cuantitativos
- Desarrollo de microarrays de anticuerpos o antígenos en formato de microesferas en suspensión (Luminex)
- Realización y lectura de ensayos Luminex
- Realización de ensayos ELISA
- Desarrollo y realización de ensayos híbridos de inmunoafinidad acoplada a espectrometría de masas (SISCAPA)
- Análisis de datos cuantitativos procedentes de inmunoensayos
Tarifas
Módulo | Técnica | Unidad | A | B | C |
1.Preparación de muestras * | |||||
101 | Extracción de proteínas | Muestra | 10 | 15 | 20 |
102 | Precipitación muestra | Muestra | 25 | 35 | 48 |
103 | Depleción química | Muestra | 25 | 35 | 48 |
104 | Desalado y concentración por fase reversa | Muestra | 15 | 20 | 25 |
105 | Desalado y concentración por ultrafiltración | Muestra | 17 | 25 | 30 |
106 | Cuantificación de proteínas (Bradford, BCA, etc) | Muestra | 15 | 20 | 25 |
107 | Digestión en solución | Muestra | 15 | 20 | 25 |
108 | Digestión en gel | Muestra | 30 | 40 | 50 |
2.Marcaje para proteómica cuantitativa | |||||
201 | Marcaje isobárico (iTRAQ) | Muestra | Consultar | ||
202 | Marcaje DIGE (por gel) | Muestra | Consultar | ||
3.Separación de péptidos y proteínas | |||||
3.0.Electroforesis (IEF o SDS-PAGE) | |||||
301 | Isoelectroenfoque, tira corta | Muestra | 25 | 35 | 50 |
302 | Isoelectroenfoque, tira larga | Muestra | 35 | 45 | 60 |
303 | SDS-PAGE (minigel) | Gel | 25 | 35 | 50 |
304 | SDS-PAGE (gel grande) | Gel | 50 | 70 | 90 |
305 | Transferencia de proteínas a membrana | Gel | 35 | 45 | 60 |
3.1.Tinción de proteínas en geles de poliacrilamida | |||||
311 | Tinción con nitrato de plata (minigel) | Gel | 40 | 60 | 80 |
312 | Tinción con nitrato de plata | Gel | 50 | 75 | 100 |
313 | Tinción con azul de coomassie (minigel) | Gel | 20 | 30 | 45 |
314 | Tinción con azul de coomassie | Gel | 35 | 50 | 75 |
315 | Tinción fluorescente (minigel) | Gel | 40 | 60 | 80 |
316 | Tinción fluorescente | Gel | 60 | 80 | 110 |
317 | Picado de spots a partir de gel | Hora | 10 | 15 | 20 |
3.2.Escaneado de geles | |||||
321 | Escaneado no fluorescente | Gel | 8 | 12 | 17 |
322 | Fluorescencia (Typhoon o similar) | Gel | 15 | 20 | 30 |
3.3.Cromatografía líquida * | |||||
331 | Separación por HPLC (fase reversa o intercambio iónico) | Muestra | 120 | 150 | 200 |
332 | Inmunodepleción de suero (HPLC) | Muestra | 150 | 200 | 300 |
4.Análisis por espectrometría de masas * | |||||
401 | Análisis por MS-MALDI TOF (huella peptídica) | Muestra | 35 | 45 | 70 |
402 | Análisis por MS-MALDI TOF/TOF | Muestra | 69 | 79 | 94 |
403 | Desarrollo método MRM | Proteína | Consultar | ||
404 | LC-MS/MS (triple cuadrupolo, MRM) | Run | 100 | 120 | 170 |
405 | LC-MS/MS (alta resolución, TimsTOF) | Hora | 200 | 250 | 350 |
406 | Immunoaffinity MS (SISCAPA) | Proteína | Consultar | ||
407 | Análisis pequeña molécula (FIA) | Hora | 25 | 40 | 60 |
408 | Análisis pequeña molécula (UPLC) | Hora | 40 | 60 | 100 |
5.Microarrays de proteínas/Inmunodetección | |||||
501 | Desarrollo método Luminex | Proteína | Consultar | ||
502 | Ensayo Luminex (lectura) | Placa | 120 | 150 | 250 |
503 | Ensayo Luminex (realización de placa + lectura) | Placa | 300 | 350 | 500 |
504 | Ensayo ELISA (realización de placa + lectura) | Placa | 200 | 230 | 300 |
6.Análisis de datos | |||||
601 | Análisis de datos de espectrometría de masas | Hora | 50 | 70 | 90 |
602 | Análisis de datos de espectrometría de masas (autoservicio) | Hora | 15 | 25 | 40 |
603 | Análisis cuantitativo label-free | Hora | Consultar | ||
604 | Análisis de imagen | Hora | 60 | 80 | 100 |
605 | Análisis de imagen (autoservicio) | Hora | 15 | 25 | 40 |
7.Otros | |||||
701 | Diseño experimental | Hora | 20 | 35 | 50 |
702 | Realización de informes | Hora | 15 | 25 | 40 |
703 | Envío de datos a repositorios públicos (PRIDE, PANORAMA…) | Hora | 15 | 25 | 40 |
Tarifa A INIBIC-UDC.
Tarifa B Resto de centros y organismos de investigación públicos.
Tarifa C Empresas y entidades privadas.
Consultar disponibilidad y precio para servicios no incluidos en este listado.
Consultar requisitos en la preparación y envío de muestras para su análisis.
* El precio se podrá reducir en función del número de muestras a analizar en total. Se recomienda solicitar presupuesto.
Solicitudes
La Plataforma de Proteómica del INIBIC ofrece un servicio de apoyo a la investigación a los laboratorios miembros del Instituto, así como a la Universidade da Coruña, a la plataforma del CIBER-BBN y a otras instituciones públicas o privadas. La lista de tipos de análisis que se ofertan puede consutarla en la sección Servicios ofertados.
Procedimientos para la solicitud de los servicios
La solicitud de un servicio puede realizarse de dos formas alternativas:
- Rellenar el/los Formulario/s de Solicitud correspondientes, disponibles en esta misma página. Una vez cumplimentados se enviarán por fax o correo electrónico, junto con las muestras a analizar.
Es necesario rellenar el formulario de Solicitud de Servicio de la Plataforma de Proteómica, y uno de los formularios específicos de cada tipo de análisis.
Solicitud de Servicio de la Plataforma de Proteómica
En el caso de solicitar únicamente presupuesto para un análisis en concreto, puede cumplimentarse el formulario de Solicitud de Presupuesto de la Plataforma de Proteómica.
A través de la página web del Instituto Nacional de Proteómica (ProteoRed), en la dirección www.proteored.org, mediante las instrucciones que se le facilitan a continuación.
Envío de muestras
Una vez cumplimentada la solicitud, las muestras a analizar se podrán entregar de cualquiera de las siguientes formas:
- Mediante servicio de mensajería con portes pagados o correos a la dirección indicada en la sección de contacto
- Entrega directa en el laboratorio: Edificio anexo al Hospital Materno Infantil Teresa Herrera, 2ª planta.
Antes de su envío, es indispensable seguir las Instrucciones para el envío de muestras que se encuentran en esta página web.
Entrega de resultados
Instrucciones para el envío de muestras
Las muestras deben manipularse con extremo cuidado para evitar contaminación con queratinas, que suelen proceder de manos, pelo y ropa de tejido animal, o con otros contaminantes que posteriormente puedan interferir en el análisis mediante espectrometría de masas.
Las muestras deben ir perfectamente identificadas, a ser posible con una simple numeración. Independientemente del tipo de muestra, es necesario indicar el organismo de procedencia de la misma.
Es importante que el usuario advierta de los posibles riesgos que pueda conllevar la manipulación del material enviado, ya sean tóxicos o biológicos, así como de las medidas de seguridad necesarias. Si el material tuviera potencial infeccioso deberá manifestarse, explicando las condiciones en que debe ser manipulado.
Muestras en solución
En caso de no enviarse liofilizadas deberán enviarse en frío (preferentemente, congeladas), y se incluirá el tipo de tampón en el que se encuentran, el volumen y la concentración de proteína.
Muestras en gel de poliacrilamida
Los geles se deben preparar con reactivos de grado analítico y agua ultrapura. Es preferible que su grosor no sobrepase 1 mm, y que el porcentaje de acrilamida no exceda el 12%. Siempre deben incluirse en el gel marcadores de peso molecular.
La tinción del gel puede llevarse a cabo con Coomassie (normal o coloidal), compuestos fluorescentes (SyproRuby, Flamingo o similares) o nitrato de plata. En este último caso, es importante que el protocolo de tinción sea compatible con espectrometría de masas.
Las muestras se enviarán en agua ultrapura, preferiblemente en frío. Pueden enviarse:
- Los geles completos, con una imagen de las bandas o manchas que se quieren analizar
- Las bandas o manchas de proteínas que se quieren analizar ya recortadas, en tubos eppendorf. Para recortarlas, es importante emplear material completamente limpio (bisturí, puntas desechables) y ceñirse al contorno de la tinción para evitar aumentar la proporción de acrilamida en la muestra. Asimismo, debe recortarse un trozo pequeño del gel que servirá como blanco para el análisis. Las muestras deberán ir acompañadas de una imagen del gel de procedencia y su localización en el mismo.
En cualquier caso, todo usuario que desee consultar condiciones específicas de sus muestras, o del tipo de análisis requerido, puede ponerse en contacto en cualquier momento con el personal técnico de la Plataforma de Proteómica.