Los geles se deben preparar con reactivos de grado analítico y agua ultrapura. Es preferible que su grosor no sobrepase 1 mm, y que el porcentaje de acrilamida no exceda el 12%. Siempre deben incluirse en el gel marcadores de peso molecular.
La tinción del gel puede llevarse a cabo con Coomassie (normal o coloidal), compuestos fluorescentes (SyproRuby, Flamingo o similares) o nitrato de plata. En este último caso, es importante que el protocolo de tinción sea compatible con espectrometría de masas.
Las muestras se enviarán en agua ultrapura, preferiblemente en frío. Pueden enviarse:
- Los geles completos, con una imagen de las bandas o manchas que se quieren analizar
- Las bandas o manchas de proteínas que se quieren analizar ya recortadas, en tubos eppendorf. Para recortarlas, es importante emplear material completamente limpio (bisturí, puntas desechables) y ceñirse al contorno de la tinción para evitar aumentar la proporción de acrilamida en la muestra. Asimismo, debe recortarse un trozo pequeño del gel que servirá como blanco para el análisis. Las muestras deberán ir acompañadas de una imagen del gel de procedencia y su localización en el mismo.
En cualquier caso, todo usuario que desee consultar condiciones específicas de sus muestras, o del tipo de análisis requerido, puede ponerse en contacto en cualquier momento con el
personal técnico de la Plataforma de Proteómica.