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Plataforma de Proteómica

Equipamiento

En la actualidad, la Plataforma de Proteómica del INIBIC posee la siguiente infraestructura para análisis de proteínas a gran escala:
Equipos para separación y análisis de proteínas mediante electroforesis bidimensional
Responsable : Dra. Cristina Ruiz Romero
  • Sistemas de isoelectroenfoque Ettan™ IPGphor™ e IPGphor™ 3 (Ge Healthcare) con bandeja de rehidratación y soporte IPGphor Manifold para correr simultáneamente 12 tiras de gradiente de pH inmovilizado de 7 a 24 cm.
  • Sistemas de separación de proteínas en 2ª dimensión: unidades de electroforesis MiniProtean (Bio-Rad), SE600 Ruby (GE Healthcare) y Ettan™ DALTsix (GE Healthcare), para tamaños de geles de hasta 24x26 cm.
  • Escáner de alta resolución ImageScanner (GE Healthcare), para digitalización de geles teñidos con Coomassie o nitrato de plata.
  • Cámara CCD equipada con fuentes de excitación de 460 y 520 nm (Fujifilm), para digitalización de geles teñidos con compuestos fluorescentes (SYPRO, etc).
  • DIGE Imager (GE Healthcare), para digitalización de geles DIGE o teñidos con fluorescentes (SYPRO, etc).
  • Software de análisis de geles bidimensionales PDQuest™ 7.3.1 (Bio-Rad). Este programa permite la identificación, cuantificación y análisis de las manchas proteicas presentes en los geles 2-DE.
  • Software de análisis de geles bidimensionales Progenesis SameSpots 4.0 (Nonlinear Dynamics)
Equipos para separación de proteínas mediante cromatografía líquida
Responsable : Dra. Patricia Fernández Puente
  • 1200 Series LC (Agilent Technologies), HPLC para cromatografía líquida de alta resolución. Con sistema de inyección automática, bomba cuaternaria, detector UV y colector de fracciones (Gilson). Columnas disponibles:
    • Zorbax C18 (fase reversa)
    • PolyLC (SCX)
    • ProteoPrep 20 (inmunoafinidad, para depleción de las 20 proteínas mayoritarias presentes en suero)
    • MARS Hu-14 (inmunoafinidad, para depleción de las 14 proteínas mayoritarias presentes en suero)
  • Sistema Tempo™ nanoLC (Applied Biosystems), para cromatografía líquida de alta resolución y nanocaudal (nL/min). Acoplado a colector de microfracciones.
  • Colector y dispensador de microfracciones SunCollect (SunChrom), para depositar las fracciones del nLC sobre una placa para MALDI.
Identificación de proteínas
Responsable : Dr. Jesús Mateos Martín
  • Espectrómetro de masas 4800 MALDI-TOF/TOF™ Proteomics Analyzer (Applied Biosystems). Posee fuente de ionización tipo MALDI y dos analizadores de masas tipo tiempo de vuelo en tándem con cámara de colisión (CID) para fragmentación de iones.
  • Software Protein Pilot 3.0 (Applied Biosystems), para la identificación de proteínas a partir de geles bidimensionales o ensayos de nLC-MALDI-TOF/TOF, así como para la cuantificación de proteínas tras marcaje in vitro (ICAT, iTRAQ) o in vivo (SILAC).
  • Sistema de cromatografía liquida (HPLC) Agilent 1260 Infinity acoplado a un espectrómetro de masas tipo triple cuadrupolo API 3200™ AB SCIEX con un sistema de ionización por electrospray (ESI) y fuente de ionización tipo turbo spray.
  • Sistema de cromatografía líquida Tempo™ nanoLC-2D acoplado a espectrómetro de masas QTRAP5500. El sistema AB SCIEX QTRAP® 5500 LC-MS/MS es un triple cuadrupolo combinado con una aceleradorTM tipo trampa. Tiene dos fuentes de ionización por electrospray (fuente nano y fuente turbo).
  • MultiQuantTM Software Version 2.1 (Applied Biosystems), para el análisis de datos generados por los sistemas LC-MS/MS (QTRAP5500 y API 3200) mediante la técnica multiple reaction monitoring (MRM) de diferentes analitos.
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